长江流域具有极为独特的水生生物多样性。近年来多种人类活动导致长江水生生物资源衰退严重，部分珍稀物种灭绝或濒临灭绝。长江十年禁渔后，水生生物资源恢复明显；但是一些珍稀濒危物种种群数量少，恢复缓慢或困难，栖息地环境亟待改善。建议继续落实好长江十年禁渔措施；修复水生生物关键栖息地；特别关注中华鲟等珍稀物种保护，建立有针对性的物种保护基地；加强基础研究，建立完善的长江水生生物监测网络，健全保护管理体系。