科技经费充分有效投入是区域科技发展的必要支撑，也是北京全国科技创新中心建设的必然要求。由于科技创新的特殊性，政府需要发挥引导科技经费投入的作用。北京市在财政科技经费投入、税收引导、促进科技金融发展、优化市场环境及提供服务保障等方面进行具有一定成效的实践探索。未来还需要进一步优化引导模式，促进科技经费投入，更有力地支撑全国科技创新中心建设。