京津冀科技协同创新是国家协同发展战略的一个关键环节，具有跨区域性、复杂性等特征，受到政府政策、创新资源、创新主体等多方面因素的影响，需要建立相应的协同创新机制来实现协同创新的目标。宏观层面建立政府间跨区域的协调机制，中观层面建立利益共享与补偿机制，微观层面形成多主体共同参与的治理局面，共同形成京津冀科技创新的协同治理的三维治理结构。