北京市财政科技投入规模和力度在不断增大，但增幅并不稳定。直接产出效益体现为专利量和技术市场的快速发展；经济产出效益体现为GDP的增长和高新技术产业的迅猛发展；社会产出效益表现为带动全社会参与自主创新，引导全社会投资科技领域和提高社会生产率等方面。笔者通过DEA方法对2000～2008年北京市财政科技投入产出效率进行评价，结果表明，北京市总体技术效率较高，但规模效率不足，还有改进空间。北京市应该健全财政科技投入的稳定增长机制；注重财政科技投入的规模效益；弱化投入功能，加强引导作用；加强对财政科技投入产出绩效的评价。