经过多年的发展，北京区域创新体系取得了巨大成就，其知识创新体系是全国的龙头，引领着知识创新的航向；技术创新体系在全国独具一格，成为高新技术产业的发祥地和辐射源；以技术转移体系为核心的知识传播体系初具轮廓，技术交易独领风骚；以高新技术产业为代表的知识应用体系在北京经济社会发展中的支柱作用越来越突出。但是，毋庸讳言，北京区域创新体系的建设进程中也还存在着不少的问题和矛盾。例如，知识创新成果总体水平不高、产学研关系尚未理顺、企业尚未真正成为技术创新主体、创新体系的系统功能不健全等。