（一）京津冀政府间的财权与事权不匹配
即使当前京津冀三地在协同创新和发展的过程中有一定的合作基础，也出台了一些相关协调政策，但三地各自为政的模式并未被根本改变，还没有达到优势互补的期望目标。从根本而言，这种情况是三地之间财力分配差异和三地各自的发展目标要求不对称造成的。
公共产品合理平等、产业结构协调均衡是京津冀协同发展的需要，为承接北京、天津的外迁企业，创新、产业基础最薄弱的河北省就承担了最大的发展压力，与此同时，污染较大的企业迁入，让环保责任也更多地向河北省倾斜。但在当前的三地政府转移支付政策体系中，占据最大比例的税收返还采取“基数法”，这种方式的直观效果就是收入越高、返还越多，激励效应也就相应越大，不仅没有缩减三地之间的收入差距，反而进一步拉大了京津冀政府间财力不平衡。具体来说，在京津冀一体化进程中，发展和建设责任更重的河北省在现有转移支付体系中反而税收返还较少，形成了财权和事权的不对称现象，如果这种地方财政收入分配上的“马太效应”继续存在，现有保障京津冀协同创新的转移支付体系可能会适得其反。
（二）地区间税收政策差异
为促进本地区创新发展，在协同创新理念提出之前京津冀三地就建立起了各自的税收优惠政策。这就导致三地对创新的认定标准不统一、税收优惠待遇不协调等问题。如果缺乏创新驱动基础的河北省在三地协同发展的过程中没有与之配套的税收优惠政策，可能只能单纯实现京津地区产业转移，而无法推动三地真正意义上的协同创新和优势互补。
（三）税源无序竞争
对于现有政绩考核体系下的地方政府而言，经济发展和惠民工程是其中要义。但相应地，这也需要地方政府的大量财力投入。因此，拓展税源、获取更多的税收收入成为地方政府重要的考虑因素。京津冀三地之间跨地区业务往来频繁，因此三地地方政府为争取更多的税收，在跨区域税收征管方面设下了很多限制，不必要地增加了纳税人的遵从成本。
（四）税收优惠政策体系不完善
京津冀三地现行的针对创新企业的税收优惠政策强调事后优惠。其一，企业所得税减免等优惠只有在企业盈利后才能发生作用。而创业初期的中小型创新企业通常需要大量的初期投入，盈利能力并不强，获得的税收政策优惠反而较少。其二，研发、创新费用加计扣除的政策对规定项目的资质要求又过于严格、审核周期过长，导致小型创新企业难以得到切实优惠。其三，《京津冀协同发展产业转移对接企业税收收入分享办法》停留在政策概念的范畴，尚未形成能够落实的政策体系。尤其是缺乏在具体实施过程中对补助对象、补助手段和补助实行周期的细节规定，对预期的政策效果造成不利影响。
（五）税收征管问题
税收征管完善、有效、流畅是激励京津冀三地协同创新税收政策落实的重要保障。其中最迫切的问题是降低纳税人遵从成本，促使三地税收征管体系流畅、便捷运行。目前，三地间跨区域税收征管较为复杂，一是三地间纳税申报系统不兼容，对于企业信息、申报要求和数据联通标准各不相同，在税率和税收优惠政策标准的认定上也未能达成一致。二是在税收征管执行方式上，三地的具体措施并不遵循统一的标准，如跨区域企业迁移、企业登记变更和外出经营等某些特定的业务操作流程较为复杂，尤其增加了中小型创新企业的涉税风险。
税收征管的电子化、信息化趋势，确实简便了特定的征管程序，但如果没有统一的标准和有效的信息共享机制，也可能会成为纳税人的困扰。目前京津冀三地税收征管部门都采用信息化的征管系统，但其用户界面、操作方法和运行方式没有一致的规范和标准，暂时由各税务部门自行设计和开发。技术层面的不一致导致三地协同征管的信息共享难以达成，各地自行组建的数据库之间也不能流畅兼容，导致三地各自的税收征管体系成为互不融通的“信息孤岛”，税务部门之间难以进行征管信息的交流，严重影响了税收征管的效率。
（六）财政税收政策衔接不到位
京津冀三地发展水平不均衡的现状使得加快产业转移成为区位优势互补的最佳选择。然而，尽管出台了《京津冀范围内纳税人办理跨省（市）迁移的有关问题的通知》等相关政策，认定企业即使迁出，仍然可以依照原所在地享受税收优惠，但中关村等较为成熟的创新基地，从政府采购支持方面仍然拥有位于外地的创新园区无可比拟的区位优势。另外，在一些具体的项目上相关激励政策也尚未落实。行政区划依然是财税政策衔接的障碍，这种割裂不利于相关政策的落实，会导致高新技术产业不愿前往基础设施和政策支持不发达的地区，对京津冀协同创新起到不利影响。
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