通过对“十三五”时期京津冀、长三角、珠三角（广东）地区高校科技资源配置和科技创新效益、效率的实证分析发现，与长三角和珠三角高校相比，京津冀高校存在科技资源配置总量不足，政府投入比重高，资源配置和科技创新发展存在不平衡和异质性，科技创新经济和社会效益、效率高，但学术效益和效率较低，科技创新资源配置的精准度不够，没有很好地匹配京津冀协同发展战略对于各个地区发展定位的要求的情况。由此提出需强化京津冀高校科技创新一体化的顶层设计和组织，在进一步加强投入规模的前提下，优化资源配置，完善津冀地区高校研发转化和推广应用方面的投入布局，多渠道提升京津冀高校科技创新学术效益和效率的政策建议。